儿科成立于2010年，初期与产科合并办公，2016年正式独立。目前科室共有医师10人，其中主任医师1人， 副主任医师2人，主治医师4人，住院医师3人。科室备有新生儿辐射台、高（常）频呼吸机、CPAP仪、空氧混合仪、保暖蓝光两用治疗箱、心电监护仪、负压吸引器、可视喉镜、婴儿复苏囊、小儿电击除颤仪、抢救车等。

2016年新生儿科成立，目前拥有3名医师，其中主任医师1名，主治医师2名，护士6名副主任护师1名， 主管护师2名，护师1名，护士1名。2017年起开展小儿内分泌科特色专科服务，主要是性早熟、矮小症、小儿糖尿病、甲状腺疾病、肾上腺疾病以及其他内分泌及遗传代谢性疾病的独立诊治。2022年通过了柯城区新生儿危重症救治中心和柯城区儿童疾病治疗指导中心的创建验收考核。作为衢州市首批儿童友好医院建设单元，2023年被授予“衢州市四星级儿童友好医院”称号。