中医科创建于2004年，目前有医师4名，其中主任中医师3名，主治中医师1名。衢州市名中医2名、柯城区拔尖人才1名。科室专业涉及中医内科、中医妇科、中医肝病、中医肾病、神经内科等。

科室以中医治疗为特色，继承传统医学精华，坚持中西医结合，借鉴并结合现代医学技术，为患者提供全方位的中医药特色诊疗服务，擅长应用中药饮片或颗粒或中成药联合西医药物治疗疾病，如恶性肿瘤、心脑血管疾病、肾脏疾病、内分泌疾病、妇科疾病、慢性胃肠病、风湿骨病、危重症中西医结合救治等，尤其针对恶性肿瘤患者，可采用中医药来辅助放化疗及减少其副作用，针对慢性病患者，进行预防、康复、调摄中医治疗，达到治病防病的目的。

科室重视科研创新，承担并参与多项浙江省中医药管理局、衢州市科技局科研项目，发表论文10余篇。积极参加社会活动，宣传中医文化知识，进行中医药知识的宣传，开展多种形式的中医健康宣传教育活动，参加社区义诊，为百姓把脉献方，切实提高人民群众健康水平。